30 июля 2007 г. в соответствии с приказом ФСБ России в штат Голицынского пограничного института ФСБ России введен филиал Института (с дислокацией в г. Ставрополе).
25 марта 2008 г. Распоряжением Правительства Российской Федерации № 388-р создан филиал федерального государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Голицынский пограничный институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации» (г. Ставрополь). Филиал является обособленным структурным подразделением Института, расположенным вне места его нахождения и осуществляющим постоянно все его функции или их часть.
В июле 2008 года произведен первый набор 27 курсантов.
26 июня 2010 г. произведен первый выпуск курсантов филиала Голицынского пограничного института ФСБ России (г. Ставрополь).
В 2012 году: начато обучение по специальности 031001 «Правоохранительная деятельность». Преподавание учебных дисциплин по специальности 11.02.09 «Многоканальные телекоммуникационные системы» полностью переведено с базы Ставропольского колледжа связи в филиал Голицынского пограничного института ФСБ России (г. Ставрополь);
начата реализация программ обучения непосредственно по заказу Пограничной службы ФСБ России (специализированные курсы «Горная подготовка», «Кавалерийская подготовка», «Профессиональный иностранный язык»).
В 2014 году впервые проведен набор курсантов и организовано обучение по Федеральному государственному образовательному стандарту среднего профессионально образования по специальности 57.02.01 «Пограничная деятельность».
В 2015 году состоялось открытие новых объектов филиала Голицынского пограничного института ФСБ России (г. Ставрополь): учебного корпуса с узлом связи, казармы и столовой.
В 2017 году: состоялось церемония официального открытия новой учебной и материально-технической базы филиала Голицынского пограничного института ФСБ России (г. Ставрополь): спортивно-оздоровительного комплекса, учебно-тренировочного городка, стрелкового тира;
подписаны 2 договора о сотрудничестве в области профориентационной и военно-патриотической работы и взято шефство над специализированной (коррекционной) школой-интернатом № 9 для детей-сирот.
В 2018 году реализован комплекс мероприятий по открытию в филиале Голицынского пограничного института ФСБ России (г. Ставрополь) новой специальности среднего профессионального образования 10.02.04 «Обеспечение информационной безопасности телекоммуникационных систем».
С 2022 года в рамках реализации нового федерального государственного образовательного стандарта высшего профессионального образования в филиале Голицынского пограничного института ФСБ России (г. Ставрополь) осуществляется подготовка по специальности 11.03.02 «Инфокоммуникационные технологии и системы связи».
29 октября 2024 г. Распоряжением Правительства Российской Федерации № 3061-р филиал Федерального государственного казенного образовательного учреждения высшего образования Голицынского пограничного института ФСБ России (г. Ставрополь) реорганизован в Федеральное государственное казенное образовательное учреждение высшего образования "Институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации (г. Ставрополь)".